在用离子交换柱分离蛋白时，流动相的pH值对保留值影响很大，当选用阴离子型蛋白分析柱时，如#####若流动相的pH值小于蛋白的pI值时，蛋白分子阳离子状态，则在柱上没有保留，只有当流动相的pH值大于蛋白的pI值时，蛋白分子呈阴离子，才能在阴离子交换柱上得到保留。另外，当流动相或样品中的离子强度过大时，也会造成蛋白在离子交换柱上不保留。

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